<!DOCTYPE html><html lang="zh-CN" data-theme="light"><head><meta charset="UTF-8"><meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge"><meta name="viewport" content="width=device-width,initial-scale=1"><title>小谭的部落阁 - 把平凡的生活变得得不平凡</title><meta name="keywords" content="废物大学生 小渣渣"><meta name="author" content="谭自财"><meta name="copyright" content="谭自财"><meta name="format-detection" content="telephone=no"><meta name="theme-color" content="#ffffff"><meta name="description" content="你别卷入世俗，我别沉迷初遇">
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class="article-meta-label">发表于</span><time datetime="2021-07-28T08:06:49.939Z" title="发表于 2021-07-28 16:06:49">2021-07-28</time></span><span class="article-meta"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-inbox"></i><a class="article-meta__categories" href="/categories/%E8%80%83%E8%AF%81/">考证</a></span><span class="article-meta tags"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-tag"></i><a class="article-meta__tags" href="/tags/%E6%95%99%E5%B8%88%E8%B5%84%E6%A0%BC%E8%AF%81/">教师资格证</a><span class="article-meta__link">•</span><a class="article-meta__tags" href="/tags/%E7%89%A9%E7%90%86/">物理</a><span class="article-meta__link">•</span><a class="article-meta__tags" href="/tags/%E4%BF%A1%E6%81%AF/">信息</a><span class="article-meta__link">•</span><a class="article-meta__tags" href="/tags/%E8%80%83%E8%AF%95%E7%9B%B8%E5%85%B3%E4%BF%A1%E6%81%AF/">考试相关信息</a></span></div><div class="content">教师资格证概况教师资格证：是教育行业从业教师的许可证。改革后将不再分师范生和非师范生的区别，想要做教师都必须先参加国家统一考试。
考试类型：笔试+面试笔试时间：每年3月、11月面试时间：每年1月和5月考试科目：
幼儿园：综合素质、保教知识和能力
小学：综合素质、教育教学知识和能力
中学：综合素质、教育知识与能力、学科知识与教学能力

考试科目分值分布：
综合素质：150分 时间2小时
教育知识和能力：150分 时间2小时
学科知识与能力： 总分150分 时间2小时

题型分值分布情况


科目
题型
题量
分值



综合素质
单选题
29
58


150分
材料分析
3
42



作文题
1
50


知识点分布：

职业理念：15%
教育法律法规 10%
教师职业道德规范 15%
文化素养 12%
基本能力 48%




科目
题型
题量
分值



幼儿保教知识
单选题
10
30


150分
简答题
2
30



论述题
1
20



材料分析
2
30



活动设计
1
40


知识点分布：

学前教育限理31%
学前儿童发展33%
教育活动的组织与实施、教育 ...</div></div></div><div class="recent-post-item"><div class="post_cover right_radius"><a href="/2021/06/24/%E8%AE%A1%E7%AE%97%E6%9C%BA%E7%BD%91%E7%BB%9C%E7%AC%AC%E5%9B%9B%E7%AB%A0-%E7%BD%91%E7%BB%9C%E5%B1%82/" title="计算机网络第四章-网络层">     <img class="post_bg" src="/img/CTTN.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="计算机网络第四章-网络层"></a></div><div class="recent-post-info"><a class="article-title" href="/2021/06/24/%E8%AE%A1%E7%AE%97%E6%9C%BA%E7%BD%91%E7%BB%9C%E7%AC%AC%E5%9B%9B%E7%AB%A0-%E7%BD%91%E7%BB%9C%E5%B1%82/" title="计算机网络第四章-网络层">计算机网络第四章-网络层</a><div class="article-meta-wrap"><span class="post-meta-date"><i class="far fa-calendar-alt"></i><span class="article-meta-label">发表于</span><time datetime="2021-06-24T09:34:09.000Z" title="发表于 2021-06-24 17:34:09">2021-06-24</time></span></div><div class="content">网络层提供的两种服务让网络负责可靠交付使用面向连接的通信方式，通信之前先建立虚电路 (Virtual Circuit)，以保证双方通信所需的一切网络资源。 如果再使用可靠传输的网络协议，就可使所发送的分组无差错按序到达终点，不丢失、不重复。


虚电路表示这只是一条逻辑上的连接，分组都沿着这条逻辑连接按照存储转发方式传送，而并不是真正建立了一条物理连接。

请注意，电路交换的电话通信是先建立了一条真正的连接。

因此分组交换的虚连接和电路交换的连接只是类似，但并不完全一样。 


网络提供数据报服务
互联网的先驱者提出了一种崭新的网络设计思路。
网络层向上只提供简单灵活的、无连接的、尽最大努力交付的数据报服务。
网络在发送分组时不需要先建立连接。每一个分组（即 IP 数据报）独立发送，与其前后的分组无关（不进行编号）。
网络层不提供服务质量的承诺。即所传送的分组可能出错、丢失、重复和失序（不按序到达终点），当然也不保证分组传送的时限。 


虚电路服务与数据报服务的对比
网际协议 IP网际协议 IP网际协议 IP 是 TCP/IP 体系中两个最主要的协议之一。与 IP 协议配套使用的还 ...</div></div></div><div class="recent-post-item"><div class="post_cover left_radius"><a href="/2021/06/23/%E8%AE%A1%E7%AE%97%E6%9C%BA%E7%BD%91%E7%BD%91%E7%BB%9C%E7%AC%AC%E4%B8%89%E7%AB%A0-%E6%95%B0%E6%8D%AE%E9%93%BE%E8%B7%AF%E5%B1%82/" title="计算机网网络第三章-数据链路层">     <img class="post_bg" src="/img/CSMS.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="计算机网网络第三章-数据链路层"></a></div><div class="recent-post-info"><a class="article-title" href="/2021/06/23/%E8%AE%A1%E7%AE%97%E6%9C%BA%E7%BD%91%E7%BD%91%E7%BB%9C%E7%AC%AC%E4%B8%89%E7%AB%A0-%E6%95%B0%E6%8D%AE%E9%93%BE%E8%B7%AF%E5%B1%82/" title="计算机网网络第三章-数据链路层">计算机网网络第三章-数据链路层</a><div class="article-meta-wrap"><span class="post-meta-date"><i class="far fa-calendar-alt"></i><span class="article-meta-label">发表于</span><time datetime="2021-06-23T13:09:05.000Z" title="发表于 2021-06-23 21:09:05">2021-06-23</time></span></div><div class="content">使用点对点信道的数据链路层计算机网络体系结构
数据链路层是实现设备之间通信的非常重要的一层，网络中的主机、路由器等都必须实现数据链路层，局域网中的主机、交换机等都必须实现数据链路层


数据链路层的作用仅从数据链路层观察帧的流动

数据链路层使用的信道
点对点信道：使用一对一的点对点通信方式
广播信道：
使用一对多的广播通信方式。
必须使用专用的共享信道协议来协调这些主机的数据发送。




使用点对点信道的数据链路层数据链路和帧
链路 ：一条无源的点到点的物理线路段，中间没有任何其他的交换结点。

一条链路只是一条通路的一个组成部分。


数据链路除了物理线路外，还必须有通信协议来控制这些数据的传输。

数据链路：实现这些协议的硬件和软件加到链路。

现在最常用的方法是使用适配器（即网卡）来实现这些协议的硬件和软件。

一般的适配器都包括了数据链路层和物理层这两层的功能。 


另一种说法

物理链路就是上面所说的链路。
逻辑链路就是上面的数据链路



数据链路层传送的是帧常常在两个对等的数据链路层之间画出一个数字管道，而在这条数字管道上传输的数据单位是帧。
数据链路层不必考虑物理 ...</div></div></div><div class="recent-post-item"><div class="post_cover right_radius"><a href="/2021/06/23/%E8%AE%A1%E7%AE%97%E6%9C%BA%E7%BD%91%E7%BB%9C%E7%AC%94%E8%AE%B0%E7%AC%AC%E4%BA%8C%E7%AB%A0-%E7%89%A9%E7%90%86%E5%B1%82/" title="计算机网络笔记第二章-物理层">     <img class="post_bg" src="/img/survivors_v02_5120x2880.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="计算机网络笔记第二章-物理层"></a></div><div class="recent-post-info"><a class="article-title" href="/2021/06/23/%E8%AE%A1%E7%AE%97%E6%9C%BA%E7%BD%91%E7%BB%9C%E7%AC%94%E8%AE%B0%E7%AC%AC%E4%BA%8C%E7%AB%A0-%E7%89%A9%E7%90%86%E5%B1%82/" title="计算机网络笔记第二章-物理层">计算机网络笔记第二章-物理层</a><div class="article-meta-wrap"><span class="post-meta-date"><i class="far fa-calendar-alt"></i><span class="article-meta-label">发表于</span><time datetime="2021-06-23T11:33:41.000Z" title="发表于 2021-06-23 19:33:41">2021-06-23</time></span></div><div class="content">物理层
1、物理层的基本概念物理层：怎样才能在连接各种计算机的传输媒体上传输数据比特流，而不是指具体的传输媒体，尽可能地屏蔽掉不同传输媒体和通信手段的差异
物理层的协议：物理层规程 (procedure)
主要任务：确定与传输媒体的接口的一些特性

机械特性 ：指明接口所用接线器的形状和尺寸、引线数目和排列、固定和锁定装置等。
电气特性：指明在接口电缆的各条线上出现的电压的范围。
功能特性：指明某条线上出现的某一电平的电压的意义。
过程特性 ：指明对于不同功能的各种可能事件的出现顺序。

2、数据通信的基础知识一个数据通信系统包括三大部分：
源系统（或发送端、发送方）
传输系统（或传输网络）
目的系统（或接收端、接收方）


常用术语
数据 ：运送消息的实体
信号： 数据的电气的或电磁的表现
模拟信号 ： 代表消息的参数的取值是连续的
数字信号 ： 代表消息的参数的取值是离散的
码元 ： 在使用时间域（或简称为时域）的波形表示数字信号时，代表不同离散数值的基本波形

信道的几个基本概念
信道 ： 一般用来表示向某一个方向传送信息的媒体。
单向通信（单工通信）：只能有一个方向的通信而没有 ...</div></div></div><div class="recent-post-item"><div class="post_cover left_radius"><a href="/2021/06/15/%E8%AE%A1%E7%AE%97%E6%9C%BA%E7%BD%91%E7%BB%9C-%E7%AC%AC%E4%B8%80%E7%AB%A0%E6%A6%82%E8%BF%B0-/" title="计算机网络-第一章概述">     <img class="post_bg" src="/img/GRSS.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="计算机网络-第一章概述"></a></div><div class="recent-post-info"><a class="article-title" href="/2021/06/15/%E8%AE%A1%E7%AE%97%E6%9C%BA%E7%BD%91%E7%BB%9C-%E7%AC%AC%E4%B8%80%E7%AB%A0%E6%A6%82%E8%BF%B0-/" title="计算机网络-第一章概述">计算机网络-第一章概述</a><div class="article-meta-wrap"><span class="post-meta-date"><i class="far fa-calendar-alt"></i><span class="article-meta-label">发表于</span><time datetime="2021-06-15T11:25:00.000Z" title="发表于 2021-06-15 19:25:00">2021-06-15</time></span><span class="article-meta"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-inbox"></i><a class="article-meta__categories" href="/categories/%E8%AE%A1%E7%AE%97%E6%9C%BA%E7%BD%91%E7%BB%9C/">计算机网络</a></span><span class="article-meta tags"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-tag"></i><a class="article-meta__tags" href="/tags/%E8%AE%A1%E7%AE%97%E6%9C%BA/">计算机</a><span class="article-meta__link">•</span><a class="article-meta__tags" href="/tags/%E7%BD%91%E7%BB%9C/">网络</a><span class="article-meta__link">•</span><a class="article-meta__tags" href="/tags/%E6%A6%82%E8%BF%B0/">概述</a><span class="article-meta__link">•</span><a class="article-meta__tags" href="/tags/%E7%AC%AC%E4%B8%80%E7%AB%A0/">第一章</a></span></div><div class="content">概述1.1计算机网络的定义及其特点
网络：是一个统称，泛指把人或物互连在一起而形成的系统。
三大类网络:电信网络、有线电视网络、计算机网络

计算机网络的定义:计算机网络主要是由一些通用的、可编程的硬件互连而成的，而这些硬件并非专门用来实现某一特定目的（例如，传送数据或视频信号）。

 计算机网络的特点：连通性、共享（资源共享）
1.2互联网概述
互联网：特指 Internet，它起源于美国，是由数量极大的各种计算机网络互连起来而形成的一个互连网络。它采用 TCP/IP 协议族作为通信规则，是一个覆盖全球、实现全球范围内连通性和资源共享的计算机网络。
internet：通用名词，它泛指由多个计算机网络互连而成的网络。 
Internet：互联网或因特网

WWW：万维网(World Wide Web) 
互联网基础结构发展的三个阶段：
1. 从单个网络 ARPANET 向互联网发展的过程
 2. 建成了三级结构的互联网
 3. 逐渐形成了多层次 ISP 结构的互联网


1.3互联网的组成
边缘部分： 由所有连接在互联网上的主机组成。这部分是用户直接使用的，用来进行通信（传送数据、音频 ...</div></div></div><div class="recent-post-item"><div class="post_cover right_radius"><a href="/2021/06/07/%E5%9F%BA%E4%BA%8ETCGA%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%E7%9A%84%E8%82%BE%E7%99%8C%E8%87%AA%E5%99%AC%E7%9B%B8%E5%85%B3%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E9%A2%84%E5%90%8E%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E7%9A%84%E5%BB%BA%E7%AB%8B%E4%B8%8E%E5%BA%94%E7%94%A8%EF%BC%88%E5%AE%9E%E7%8E%B0%EF%BC%89/" title="基于TCGA数据库筛选和肾癌（KIRC亚型）差异基因（实现）">     <img class="post_bg" src="/img/JNGL.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="基于TCGA数据库筛选和肾癌（KIRC亚型）差异基因（实现）"></a></div><div class="recent-post-info"><a class="article-title" href="/2021/06/07/%E5%9F%BA%E4%BA%8ETCGA%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%E7%9A%84%E8%82%BE%E7%99%8C%E8%87%AA%E5%99%AC%E7%9B%B8%E5%85%B3%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E9%A2%84%E5%90%8E%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E7%9A%84%E5%BB%BA%E7%AB%8B%E4%B8%8E%E5%BA%94%E7%94%A8%EF%BC%88%E5%AE%9E%E7%8E%B0%EF%BC%89/" title="基于TCGA数据库筛选和肾癌（KIRC亚型）差异基因（实现）">基于TCGA数据库筛选和肾癌（KIRC亚型）差异基因（实现）</a><div class="article-meta-wrap"><span class="post-meta-date"><i class="far fa-calendar-alt"></i><span class="article-meta-label">发表于</span><time datetime="2021-06-07T11:25:00.000Z" title="发表于 2021-06-07 19:25:00">2021-06-07</time></span><span class="article-meta"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-inbox"></i><a class="article-meta__categories" href="/categories/%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E7%BB%9F%E8%AE%A1/">医学统计</a></span><span class="article-meta tags"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-tag"></i><a class="article-meta__tags" href="/tags/TCGA/">TCGA</a><span class="article-meta__link">•</span><a class="article-meta__tags" href="/tags/RNA-Seq/">RNA-Seq</a><span class="article-meta__link">•</span><a class="article-meta__tags" href="/tags/%E8%82%BE%E7%99%8C/">肾癌</a></span></div><div class="content">1.数据下载1.1 网页下载


1.2 TCGABiolinks下载setwd(&quot;D:\Bioinformatics data analysis&quot;)if (!requireNamespace(&quot;BiocManager&quot;, quietly = TRUE))   install.packages(&quot;BiocManager&quot;) BiocManager::install(&quot;TCGAbiolinks&quot;) library(TCGAbiolinks)query &lt;- GDCquery(project = &quot;TCGA-KIRC&quot;,                  data.category = &quot;Transcriptome Profiling&quot;,                  data.type = &quot;Gene Expression Quantification&quot;,                   workflow.type = &quot;HT ...</div></div></div><div class="recent-post-item"><div class="post_cover left_radius"><a href="/2021/05/07/TCGA%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%E4%B8%AD%E5%90%AB%E6%9C%89%E7%9A%84%E7%99%8C%E7%97%87%E5%90%8D%E7%A7%B0%E3%80%81%E7%AE%80%E5%86%99%E3%80%81%E4%B8%AD%E6%96%87%E5%90%8D%E7%A7%B0%E5%AF%B9%E7%85%A7%E8%A1%A8/" title="TCGA数据库中含有的癌症名称、简写、中文名称对照表">     <img class="post_bg" src="https://i.loli.net/2020/05/01/gkihqEjXxJ5UZ1C.jpg" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="TCGA数据库中含有的癌症名称、简写、中文名称对照表"></a></div><div class="recent-post-info"><a class="article-title" href="/2021/05/07/TCGA%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%E4%B8%AD%E5%90%AB%E6%9C%89%E7%9A%84%E7%99%8C%E7%97%87%E5%90%8D%E7%A7%B0%E3%80%81%E7%AE%80%E5%86%99%E3%80%81%E4%B8%AD%E6%96%87%E5%90%8D%E7%A7%B0%E5%AF%B9%E7%85%A7%E8%A1%A8/" title="TCGA数据库中含有的癌症名称、简写、中文名称对照表">TCGA数据库中含有的癌症名称、简写、中文名称对照表</a><div class="article-meta-wrap"><span class="post-meta-date"><i class="far fa-calendar-alt"></i><span class="article-meta-label">发表于</span><time datetime="2021-05-07T01:25:00.000Z" title="发表于 2021-05-07 09:25:00">2021-05-07</time></span><span class="article-meta"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-inbox"></i><a class="article-meta__categories" href="/categories/%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E7%BB%9F%E8%AE%A1/">医学统计</a></span><span class="article-meta tags"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-tag"></i><a class="article-meta__tags" href="/tags/TCGA/">TCGA</a></span></div><div class="content">


Cohort
英文名称
中文名称



ACC
Adrenocortical carcinoma
肾上腺皮质癌


BLCA
Bladder Urothelial Carcinoma
膀胱尿路上皮癌


BRCA
Breast invasive carcinoma
乳腺浸润癌


CESC
Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma
宫颈鳞癌和腺癌


CHOL
Cholangiocarcinoma
胆管癌


COAD
Colon adenocarcinoma
结肠癌


COADREAD
Colon adenocarcinoma/Rectum adenocarcinoma Esophageal carcinoma
结直肠癌


DLBC
Lymphoid Neoplasm Diffuse Large B-cell Lymphoma
弥漫性大B细胞淋巴瘤


ESCA
Esophageal carcinoma
食管癌


FPPP
FFPE Pilot Phase II
FFPE试点二期


 ...</div></div></div><div class="recent-post-item"><div class="post_cover right_radius"><a href="/2021/05/07/pheatmap%20%E7%9B%B8%E5%85%B3%E6%80%A7%E7%83%AD%E5%9B%BE%20%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E8%A1%A8%E8%BE%BE%E9%87%8F%E7%83%AD%E5%9B%BE/" title="pheatmap 相关性热图 基因表达量热图">     <img class="post_bg" src="/img/CSMS.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="pheatmap 相关性热图 基因表达量热图"></a></div><div class="recent-post-info"><a class="article-title" href="/2021/05/07/pheatmap%20%E7%9B%B8%E5%85%B3%E6%80%A7%E7%83%AD%E5%9B%BE%20%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E8%A1%A8%E8%BE%BE%E9%87%8F%E7%83%AD%E5%9B%BE/" title="pheatmap 相关性热图 基因表达量热图">pheatmap 相关性热图 基因表达量热图</a><div class="article-meta-wrap"><span class="post-meta-date"><i class="far fa-calendar-alt"></i><span class="article-meta-label">发表于</span><time datetime="2021-05-07T01:25:00.000Z" title="发表于 2021-05-07 09:25:00">2021-05-07</time></span><span class="article-meta"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-inbox"></i><a class="article-meta__categories" href="/categories/%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E7%BB%9F%E8%AE%A1/">医学统计</a></span><span class="article-meta tags"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-tag"></i><a class="article-meta__tags" href="/tags/TCGA/">TCGA</a><span class="article-meta__link">•</span><a class="article-meta__tags" href="/tags/RNA-Seq/">RNA-Seq</a></span></div><div class="content">
作者：APExBIO链接：https://www.jianshu.com/p/9a5f8eef02fb来源：简书著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。

热图热图概念：热图是一个以颜色变化来显示数据的矩阵，可以简单地聚合大量数据，并使用一种渐进的色带直观地展现空间数据的相对大小。
热图在生物学中的应用：生物学中热图经常用于展示多个基因在不同样本中的表达水平。然后可以通过聚类等方式查看不同组（如疾病组和对照组）特有的形式。热图还可以用于展示其他物质的丰度比如微生物的相对丰度、代谢组不同物质的含量等等。当然，另一个热图的重要用处就是展现不同指标、不同样本等之间的相关性。
数据准备
多个样本genes/transcripts read counts 文件

多个样本genes/transcripts FPKM/TPM 文件 如果得到单个样本all genes read counts, 需要先合并： 数据格式如下：

image.png


##相关性热图，使用数据gene_fpkm.csvsetwd(&quot;C:/Users/Desktop/Transcr ...</div></div></div><div class="recent-post-item"><div class="post_cover left_radius"><a href="/2021/05/07/%E5%88%A9%E7%94%A8R%E5%8C%85TCGAbiolinks%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E5%90%84%E7%A7%8D%E6%95%B0%E6%8D%AE%E4%B8%8B%E8%BD%BD/" title="利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载">     <img class="post_bg" src="/img/WAVY.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载"></a></div><div class="recent-post-info"><a class="article-title" href="/2021/05/07/%E5%88%A9%E7%94%A8R%E5%8C%85TCGAbiolinks%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E5%90%84%E7%A7%8D%E6%95%B0%E6%8D%AE%E4%B8%8B%E8%BD%BD/" title="利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载">利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载</a><div class="article-meta-wrap"><span class="post-meta-date"><i class="far fa-calendar-alt"></i><span class="article-meta-label">发表于</span><time datetime="2021-05-07T01:25:00.000Z" title="发表于 2021-05-07 09:25:00">2021-05-07</time></span><span class="article-meta"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-inbox"></i><a class="article-meta__categories" href="/categories/%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E7%BB%9F%E8%AE%A1/">医学统计</a></span><span class="article-meta tags"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-tag"></i><a class="article-meta__tags" href="/tags/TCGA/">TCGA</a><span class="article-meta__link">•</span><a class="article-meta__tags" href="/tags/%E6%95%B0%E6%8D%AE%E4%B8%8B%E8%BD%BD/">数据下载</a></span></div><div class="content">TCGAbiolinks的优点在于具备一体化的下载整合，无需再使用复杂的方法对下载的单个数据重新进行整合，换句话说，就是TCGAbiolinks包下载的数据是合并了的，不需要整理（TCGAbiolinks数据下载）。TCGAbiolinks的官方网站是：http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/index.html代码参考：TCGA3.R包TCGAbiolinks下载数据
安装TCGAbiolinks&gt; BiocManager::install(&quot;TCGAbiolinks&quot;)&gt; library(TCGAbiolinks)
选定要下载的cancer类型&gt;TCGAbiolinks::getGDCprojects()$project_id [1] &quot;TCGA-SARC&quot;             &quot;TARGET-CCSK&quot;           [3] &quot;TARGET-NBL&quot;    ...</div></div></div><div class="recent-post-item"><div class="post_cover right_radius"><a href="/2021/05/07/TCGA%20%E7%9A%84%E5%B7%AE%E5%BC%82%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E5%88%86%E6%9E%90/" title="TCGA 差异基因分析">     <img class="post_bg" src="/img/CNYN.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="TCGA 差异基因分析"></a></div><div class="recent-post-info"><a class="article-title" href="/2021/05/07/TCGA%20%E7%9A%84%E5%B7%AE%E5%BC%82%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E5%88%86%E6%9E%90/" title="TCGA 差异基因分析">TCGA 差异基因分析</a><div class="article-meta-wrap"><span class="post-meta-date"><i class="far fa-calendar-alt"></i><span class="article-meta-label">发表于</span><time datetime="2021-05-07T01:25:00.000Z" title="发表于 2021-05-07 09:25:00">2021-05-07</time></span><span class="article-meta"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-inbox"></i><a class="article-meta__categories" href="/categories/%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E7%BB%9F%E8%AE%A1/">医学统计</a></span><span class="article-meta tags"><span class="article-meta__separator">|</span><i class="fas fa-tag"></i><a class="article-meta__tags" href="/tags/TCGA/">TCGA</a><span class="article-meta__link">•</span><a class="article-meta__tags" href="/tags/RNA-Seq/">RNA-Seq</a></span></div><div class="content">TCGA数据库数据库简介肿瘤被认为是人类最复杂疾病之一, 目前为止人类已经发现了超过200种肿瘤亚型。肿瘤病人基因中发生的变化如体细胞突变、拷贝数变异、基因表达量差异和表观修饰变化与其特定的肿瘤亚型是相对应的。
**目的: **为了更好地发现、诊断和治疗肿瘤, 对其基因变化进行深入研究和建立相应数据库是目前所急需的。TCGA计划旨在通过大规模基因测序和综合性、多维度的分析手段来寻找由肿瘤发生发展造成的基因变化, 构建肿瘤基因相关的全方位“地图集”。
**时间、组织:**2006年, 美国国立癌症研究院 (National Cancer Institute, NCI) 和美国国立人类基因组研究院 (National Human Genome Research Institute, NHGRI) 合作开展了The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库计划, 
TCGA计划分为两个部分:
第一部分从2006～2008年选择了具有严重不良预后且危害公共健康的3种常见肿瘤 (脑癌、肺癌和卵巢癌) 进行数据采集和分析, 从而对其数据库整体框架的构建进行基本测试;
第二阶段从 ...</div></div></div><nav id="pagination"><div class="pagination"><a class="extend prev" rel="prev" href="/"><i class="fas fa-chevron-left fa-fw"></i></a><a class="page-number" href="/">1</a><span class="page-number current">2</span><a class="page-number" href="/page/3/#content-inner">3</a><a class="page-number" href="/page/4/#content-inner">4</a><a class="extend next" rel="next" href="/page/3/#content-inner"><i class="fas fa-chevron-right fa-fw"></i></a></div></nav></div><div class="aside-content" id="aside-content"><div class="card-widget card-info"><div class="card-info-avatar is-center"><img class="avatar-img" src="https://gitee.com/tanzicai/drawingbed/raw/master/img/20210609205810.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/friend_404.gif'" alt="avatar"/><div class="author-info__name">谭自财</div><div class="author-info__description">你别卷入世俗，我别沉迷初遇</div></div><div class="card-info-data"><div class="card-info-data-item is-center"><a href="/archives/"><div class="headline">文章</div><div class="length-num">35</div></a></div><div class="card-info-data-item is-center"><a href="/tags/"><div class="headline">标签</div><div class="length-num">50</div></a></div><div class="card-info-data-item is-center"><a href="/categories/"><div class="headline">分类</div><div class="length-num">12</div></a></div></div><a class="button--animated" id="card-info-btn" target="_blank" rel="noopener" href="https://github.com/tanzicai"><i class="fab fa-github"></i><span>Follow Me</span></a><div class="card-info-social-icons is-center"><a class="social-icon" href="https://github.com/tanzicai" target="_blank" title="Github"><i class="fab fa-github"></i></a><a class="social-icon" href="https://gitee.com/tanzicai" target="_blank" title="Github"><i class="fab fa-git-square"></i></a><a class="social-icon" href="http://wpa.qq.com/msgrd?v=3&amp;uin=1728561744&amp;site=qq&amp;menu=yes" target="_blank" title="QQ"><i class="fas fa-qq"></i></a><a class="social-icon" href="mailto:1728561744@qq.com" target="_blank" title="Email"><i class="fas fa-envelope"></i></a></div></div><div class="card-widget card-announcement"><div class="item-headline"><i class="fas fa-bullhorn card-announcement-animation"></i><span>公告</span></div><div class="announcement_content">本站正在切换主题测试，如有错误提示，请联系我，谢谢</div></div><div class="sticky_layout"><div class="card-widget card-recent-post"><div class="item-headline"><i class="fas fa-history"></i><span>最新文章</span></div><div class="aside-list"><div class="aside-list-item"><a class="thumbnail" href="/2022/02/10/%E5%B8%B8%E7%94%A8%E7%B1%BB/" title="Java常用类"><img src="https://gitee.com/tanzicai/file-pan/raw/master/img/20220209171157.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="Java常用类"/></a><div class="content"><a class="title" href="/2022/02/10/%E5%B8%B8%E7%94%A8%E7%B1%BB/" title="Java常用类">Java常用类</a><time datetime="2022-02-10T12:25:00.000Z" title="发表于 2022-02-10 20:25:00">2022-02-10</time></div></div><div class="aside-list-item"><a class="thumbnail" href="/2022/02/09/%E5%BC%82%E5%B8%B8/" title="Java异常"><img src="/img/survivors_v03_5120x2880.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="Java异常"/></a><div class="content"><a class="title" href="/2022/02/09/%E5%BC%82%E5%B8%B8/" title="Java异常">Java异常</a><time datetime="2022-02-09T13:25:00.000Z" title="发表于 2022-02-09 21:25:00">2022-02-09</time></div></div><div class="aside-list-item"><a class="thumbnail" href="/2022/02/09/%E9%9D%A2%E5%90%91%E5%AF%B9%E8%B1%A1%E7%BC%96%E7%A8%8B/" title="Java面向对象编程"><img src="/img/CTTN.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="Java面向对象编程"/></a><div class="content"><a class="title" href="/2022/02/09/%E9%9D%A2%E5%90%91%E5%AF%B9%E8%B1%A1%E7%BC%96%E7%A8%8B/" title="Java面向对象编程">Java面向对象编程</a><time datetime="2022-02-09T13:25:00.000Z" title="发表于 2022-02-09 21:25:00">2022-02-09</time></div></div><div class="aside-list-item"><a class="thumbnail" href="/2022/02/09/%E6%95%B0%E7%BB%84%E8%AF%A6%E8%A7%A3/" title="Java数组详解"><img src="/img/CNYN.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="Java数组详解"/></a><div class="content"><a class="title" href="/2022/02/09/%E6%95%B0%E7%BB%84%E8%AF%A6%E8%A7%A3/" title="Java数组详解">Java数组详解</a><time datetime="2022-02-09T13:25:00.000Z" title="发表于 2022-02-09 21:25:00">2022-02-09</time></div></div><div class="aside-list-item"><a class="thumbnail" href="/2022/02/09/%E6%96%B9%E6%B3%95%E8%AF%A6%E8%A7%A3/" title="Java方法详解"><img src="/img/WHT.png" onerror="this.onerror=null;this.src='/img/404.jpg'" alt="Java方法详解"/></a><div class="content"><a class="title" href="/2022/02/09/%E6%96%B9%E6%B3%95%E8%AF%A6%E8%A7%A3/" title="Java方法详解">Java方法详解</a><time datetime="2022-02-09T12:25:00.000Z" title="发表于 2022-02-09 20:25:00">2022-02-09</time></div></div></div></div><div class="card-widget card-categories"><div class="item-headline">
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  endLoading: () => {
    document.body.style.overflow = 'auto';
    document.getElementById('loading-box').classList.add("loaded")
  },
  initLoading: () => {
    document.body.style.overflow = '';
    document.getElementById('loading-box').classList.remove("loaded")

  }
}
window.addEventListener('load',preloader.endLoading())</script><div class="js-pjax"><script>function subtitleType () {
  if (true) { 
    var typed = new Typed("#subtitle", {
      strings: "请 你 要 发 光&#44 ; 而 不 是 被 照 亮,Please shine your light. Instead of being illuminated".split(","),
      startDelay: 300,
      typeSpeed: 150,
      loop: true,
      backSpeed: 50
    })
  } else {
    document.getElementById("subtitle").innerHTML = '请 你 要 发 光&#44 ; 而 不 是 被 照 亮'
  }
}

if (true) {
  if (typeof Typed === 'function') {
    subtitleType()
  } else {
    getScript('https://cdn.jsdelivr.net/npm/typed.js/lib/typed.min.js').then(subtitleType)
  }
} else {
  subtitleType()
}</script></div><script id="click-heart" src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/butterfly-extsrc@1/dist/click-heart.min.js" async="async" mobile="false"></script><script async data-pjax src="//busuanzi.ibruce.info/busuanzi/2.3/busuanzi.pure.mini.js"></script></div></body></html>